En raison du sort du glycérol coproduit. Le méthylate de sodium comme celui de potassium catalysent efficacement la transestérification, mais le potassium résiduel présent dans le glycérol brut le rend commercialisable comme engrais, ce que le sodium résiduel ne permet pas, le glycérol devenant alors un déchet à éliminer. Cet écart de valeur du coproduit compense souvent le coût plus élevé du KOH.