Porque anula sus diferencias. Las proteínas varían en forma y carga neta, de modo que no pueden separarse solo por tamaño en su estado nativo. El SDS las desnaturaliza y se une a lo largo de la cadena a razón de aproximadamente 1,4 gramos por gramo de proteína, lo que confiere a cada proteína una carga negativa uniforme proporcional a su longitud y una forma alargada similar. La movilidad depende entonces únicamente del peso molecular.